Une fois les six scénarios du mode histoire terminés, LEGO Battles offre encore un tas d’autres possibilités par son mode libre. Ici, vous commencerez par choisir une carte puis un objectif. En effet, le mode libre propose trois types d’aventure : vaincre le héros ennemi, détruire toutes les unités adverses ou récolter 10 000 blocs LEGO. Les joueurs les plus expérimentés pourront également augmenter la difficulté de la mission en diminuant le nombre de bloc disponible au départ ainsi que le nombre de bâtiment déjà construit. Mais le gros intérêt de ce mode réside en la composition de vos troupes. Chaque type de personnage peut être choisi parmi les trois univers LEGO. Ainsi les extraterrestres combattront, par exemple, aux cotes des pirates pour détruire les chevaliers. Les parties ne seront donc jamais les mêmes. C’est également en mode libre que vous pourrez affronter vos amis en multijoueurs, jouable jusqu’à trois joueurs à condition que chacun possède sa propre cartouche de jeu, pour des combats, que vous ne pourrez qu’observer, mais voir des pirates s’opposer aux extra terrestres, ça c’est original.