Pour ce qui est du gameplay, Le Parrain d'EA est ce qu'on pourrait appeler un GTA-like. En effet, le joueur bénéficie d'une grande liberté d'action et peut notamment voler n'importe quel véhicule. Certes, toute une série de missions sont présentes pour le guider, mais le joueur peut très bien entre deux d'entre elles faire un tour en ville, braquer une banque ou encore attaquer un convoi de marchandises. Le but étant de gravir les échelons de la hiérarchie mafieuse, et pourquoi pas, devenir le nouveau Parrain.
Le quotidien du gangster n'est pas de tout repos. Au menu : extorsion des commerçants locaux, divers trafics de marchandises, corruption, gestion de salle de jeux clandestines ou encore proxénétisme. Et si cela ne suffisait pas, la police et les quatre autres familles mafieuses sont là pour vous mettre des bâtons dans les roues. En effet, les puissantes familles de la mafia se partagent New-York. Ainsi, pour reprendre un commerce, il ne s'agit pas simplement de convaincre le patron qu'il « a besoin de la protection de la famille », mais également de se débarrasser de la famille qui le contrôle, et cela passe forcement par la violence. Une fois le commerçant « convaincu », celui-ci versera une somme chaque semaine à la famille, et le joueur en touchera un pourcentage en fonction de son rang. Cet argent lui servira à acheter de nouvelles armes auprès de revendeurs pas très recommandables, à corrompre des agents de police pour avoir la paix, à débloquer de nouvelles planques ou encore à s'assurer la fidélité des trafiquants.
Les combats sont également réussis, avec une maniabilité clairement simplifiée. Un clic droit permet de viser un ennemi (la précision du tir dépend de la durée de visée), tandis qu'un clic gauche permet de tirer. De même, un système appréciable permet au personnage de longer les murs ou de se cacher derrière une caisse, de tirer et de se replanquer immédiatement. On regrettera simplement certains mauvais mouvements de la caméra, notamment dans les espaces clos, et une IA des ennemies irrégulière : si ces derniers sont capables d'utiliser le décor pour se cacher, ils ont parfois des réactions stupides, comme de tourner le dos pour aller se replanquer, histoire de vous laisser les ajuster tranquillement.
Au fur et à mesure des missions, votre avatar gagnera de l'expérience, ce qui permet d'améliorer ses caractéristiques, comme le combat à main nue, le tir, la santé, la vitesse, ou encore sa connaissance des lois de la rue (faculté permettant entre autre de se faire bien voir par les forces de police et d'inspirer d'avantage de respect aux commerçants).
Pour ce qui est des relations avec la police, c'est grosso modo le système de GTA que l'on retrouve. Chaque acte illégal (tel le vol d'une voiture) fait augmenter le niveau d'agressivité des forces de l'ordre à votre égard, du simple avertissement à l'envoi d'une brigade tout entière à ,os trousses. Pour faire baisser le niveau d'agressivité de la police, le mieux est de se faire oublier, soit en rejoignant une de ses planques soit en achetant certains fonctionnaires peu scrupuleux.
En ce qui concerne les relations avec les autres familles, un système similaire, appelé niveau de vendetta, a été mis en place. En cas d'agressions répétées contre une famille rivale, cette dernière peut proclamer la vendetta, et mettre le feu aux boutiques contrôlées par les Corleone. Dans ce cas, le joueur peut soit tenter d'anéantir la famille adverse, soit négocier une trêve avec le FBI en graissant la patte d'un agent.
Niveau difficulté, EA a clairement choisi de viser le grand public. En effet, beaucoup d'éléments sont présents pour faciliter la tâche du joueur. Ainsi, dans les missions en plusieurs parties, si le joueur en rate une il recommencera à la partie où il a échoué, et non au à l'hôpital (contrairement à GTA). De même, de nombreuses planques permettant entre autres de sauvegarder la partie contiennent un véritable arsenal. Après quelques heures de jeux, le joueur aura débloqué suffisamment de planques à travers la ville pour pouvoir faire le plein de munitions dès qu'il en aura besoin. En conséquence, les missions s'enchaînent rapidement, et le joueur même débutant n'a pas l'impression de rester bloqué dans le jeu. Malheureusement, pour les joueurs confirmés, la durée de vie risque d'être limitée, d'autant plus qu'après la trentième extorsion, un sentiment de lassitude commence à naître. Un exemple assez éclairant est fourni par l'apparence des petits commerces, qui n'ont certes pas une importance clé dans le jeu, mais qui doit varier entre 4 ou 5 modèles. Trop peu pour empêcher l'apparition d'un sentiment de déja-vu.