Raphaël mène une double vie. Le jour, c'est un jeune homme aux cheveux roux qui vit paisiblement à Paris avec son chien, Fondue. La nuit, il devient Fantôme R, un cambrioleur de renom qui vole avec une discrétion sans égal des œuvres d'arts de toutes sortes. Raphaël ne trempe pourtant dans aucun trafic puisqu'il enquête sur la disparition de son père disparu il y a trois ans, parti sans laisser d'adresse et qu'il n'a plus jamais revu. Peu après le départ de ce dernier, le tombeau de Napoléon aux Invalides a en effet été cambriolé et Raphaël est intimement persuadé que cela n'est pas qu'une coïncidence. L'aventure débute donc quand notre héros s'infiltre au Louvre un soir de fête nationale pour collecter un nouvel artéfact afin de faire avancer ses investigations. En sortant victorieux, il rencontre Marie, une orpheline extrêmement douée pour le violon pourchassée par de mystérieux chevaliers et qui aura bien sûr son importance un peu plus loin dans l'histoire.

Une grosse partie de Rhythm Thief consiste donc à explorer la capitale de la France à la manière de Professeur Layton, dans des tableaux fixes très soignés regorgeant d'interactions et d'objets cachés à découvrir. Discuter avec les personnages pour obtenir des informations, trouver des médailles planquées derrière des éléments de décor, passer d'une zone à une autre... tout cela se fait très naturellement du bout du stylet sur l'écran tactile de la console. Afin de se différencier un peu du jeu de Level-5, le titre de Sega a ajouté un système de sons que l'on peut collecter un peu partout dans les villes. Ces derniers peuvent être ensuite utilisés pour interagir à la manière des objets dans un point & clic classique. Pour passer un dispositif de reconnaissance vocale au Louvre par exemple, il suffit d'enregistrer la voix d'un des gardiens sur votre dictaphone afin de pouvoir franchir la porte sécurisée sans attirer le moindre soupçon. Les phases d'exploration sont soignées et le jeu propose un bon nombre d'extras pour les plus acharnés (partition cachée à retrouver, quête aux sons pour créer un instrument légendaire...). Les dix chapitres du jeu sont l'occasion de visiter bon nombre de monuments célèbres de Paris et si l'on n'échappe pas à tous les clichés sur la ville lumière (macarons en vente à tous les coins de rues, ruelles bucoliques sans voitures ou presque...), force est d'admettre que les développeurs ont su donner une vraie ambiance au jeu.