D’apparence, Scribblenauts pourrait passer pour n’importe quel jeu de plate-forme en 2D classique. En apparence seulement car, vous l’avez compris, l’essentiel du gameplay repose sur la possibilité que Maxwell, le personnage que l’on incarne, à de faire apparaître pratiquement n’importe quel objet pour résoudre les énigmes du jeu. En effet, l’objectif de chaque niveau est toujours le même : récupérer la « starite » qui vous attend à la fin de celui-ci. Deux modes de jeu sont proposés, lesquels ne sont finalement que deux variantes d’un même principe.

Dans le premier mode, intitulé mode « énigmes », il faut accomplir des actions précises pour résoudre un problème : ce n’est qu’une fois résolu que la starite apparaîtra et qu’il sera possible de la récupérer. Par exemple, protéger un pique-nique des fourmis sans les tuer car le hippie à l’écran ne le supporterait pas, ou ramener un mouton égaré dans son troupeau sans qu’il ne se fasse manger par le loup.

Le mode « action » quant à lui propose à peu près la même chose à la différence que la starite est déjà en place : l’énigme consiste principalement à trouver le moyen pour la rejoindre. Différentes créatures hostiles ou mécanismes vicieux peuvent ainsi joncher le parcours et il faut trouver de façon la plus inventive possible un moyen de se frayer un chemin envers et contre tout. Cela peut être une armée de ninjas comme la ménagerie d’un zoo ou une tornade.