Contrairement à Clear Sky, Call of Prypiat reprend là où on avait laissé le tout premier S.T.A.L.K.E.R.. Souvenez-vous, à la fin de Shadow of Chernobyl, Strelok, vous-même en fait, était le premier stalker à atteindre le cœur de la centrale et à désactiver le lobotomisateur qui empêchait d’y accéder. Cela a eu pour conséquence d’attirer tous les stalkers du coin à la recherche d’artefacts. Et on ne savait pas vraiment ce qui s’y passait alors. L’armée russe aussi s’intéresse à la chose. Et pour enquêter sur place, elle envoie sur place 5 hélicoptères bourrés de militaires. L’opération est un échec total, puisque les appareils s’évanouissent littéralement dans la zone, informations, cartes et militaires compris. Pour comprendre ce qu’il s’est passé avec les 5 appareils, le major Degtyarev est envoyé dans la zone pour les retrouver. C’est donc vous, le joueur, qui partez dans la zone retrouver les hélicoptères et savoir ce qu’il se trame du côté de la centrale nucléaire la plus mystérieuse et la plus dangereuse du monde.

Voilà le point de départ de l’intrigue de Call of Prypiat. La principale différence avec les épisodes antérieurs tient au fait qu’en tant que militaire infiltré, vous êtes neutre et relativement bien équipé dès le début de l’aventure. Ça n’a l’air de rien comme ça, mais commencer avec une bonne kalash dans les mains et 5 médikits dans le sac à dos va se révéler utile. De la même façon, le système de faction de Clear Sky est passé à la trappe. Dès le commencement, vous êtes neutre avec toutes les factions du jeu (stalkers, bandits, mercenaires, camp de la liberté et du devoir) du moment qu’on ne s’implique pas trop dans les querelles locales. Tout cela fait de Call of Prypiat l’épisode de S.T.A.L.K.E.R. le plus accessible de la série, sans devenir pour autant le plus facile, loin s’en faut. Si l’on visite plus aisément la zone, celle-ci ne pardonne toujours pas les erreurs d’inattention.