Shattered Memories reprend rapidement l’intrigue du tout premier épisode de Silent Hill pour ensuite très vite s’en détacher. Harry Mason, père de famille, est en route pour la ville de Silent Hill avec sa fille Cheryl quand soudain, ce dernier se crashe au bord de la route et perd connaissance. A son réveil, sa fille n’est plus à ses cotés dans la voiture : il lui faut alors partir à la recherche de sa progéniture dans les rues enneigées de la ville qui essuie, dans le même temps, la pire tempête de son histoire. Après quoi, le scénario de Shattered Memories va progressivement dériver par rapport à celui du jeu original, grâce à une astuce narrative plutôt bien trouvée.

En effet, le joueur se retrouve à plusieurs reprises en vue subjective chez un psychologue qui lui demande de raconter son aventure à Silent Hill, tout en lui proposant ponctuellement des tests de personnalité. Ces derniers, qui vont du simple questionnaire au coloriage en passant par l’interprétation d’images, auront des répercussions plus ou moins discrètes sur le déroulement du jeu en lui-même. L’apparence des personnages ou des décors pourront changer et certains dialogues, légèrement varier… Rien qui soit décisif cependant, la progression dans le jeu restera la même quoi qu’il arrive.

Le gameplay du jeu a été également beaucoup modifié par rapport à son modèle, notamment avec la disparition totale des combats. En effet, deux phases de jeu différentes s’enchaîneront tout au long de l’aventure. Dans un premier temps, il y a les phases d’exploration dans lesquelles aucun ennemi ne peut surgir. Elles se déroulent dans le Silent Hill normal et à aucun moment on risque d’être attaqué ou surpris par un assaillant : le joueur peut ainsi prendre tout son temps pour fouiller les environnements et en apprendre plus sur l’histoire. La visite de la ville va notamment être l’occasion de découvrir une foule d’histoires glauques mettant en scène des habitants, Harry recevant régulièrement sur son portable des messages ou des conversations téléphoniques du passé, qui rendent ainsi les déambulations un peu plus intéressantes.