Comme toujours dans Anno vous débutez avec un simple navire qui se transforme en entrepôt une fois débarqué. Il sera la base de votre nouvelle colonie. Pour que des pionniers s’installent, il faudra tout d’abord mettre à leur disposition le minimum vital, autrement dit une hutte de pêcheur et une autre de bucheron, qui leur fourniront de quoi se nourrir et se loger. Car dans Anno : Créez votre Monde, il n’est pas question de jouer au Roi cruel qui prend plaisir à faire souffrir ses sujets. Vous devez prendre soin de vos pionniers, en échange ils ne rechigneront pas à payer leurs impôts. Si les habitants de la colonie sont heureux ils évolueront. Passant ainsi du stade de pionniers à celui de colons jusqu’à devenir, après cinq évolutions, des aristocrates. Plus la catégorie sociale des citoyens augmente et plus ils deviennent exigeant. Le bois et le poisson ne suffiront plus et la colonie s’étoffera alors d’une école, d’une auberge, d’une caserne de pompier, de champs d’épice, jusqu’à devenir une cité prospère, où les habitants payent avec plaisir de très fortes impositions.

Pour ouvrir ce principe, commun à tous les jeux de gestion, au grand public, Anno : Créez votre Monde comporte un mode histoire de sept chapitres, qui n’est en fait qu’un gros didacticiel dissimulé. Vous y incarnerez un jeune prince tentant de protéger son peuple de la famine, en colonisant les îles voisines riches en ressources. Mais son frère, avide de pouvoir, mettra tout en œuvre pour attirer vers lui les éloges du Roi. La petite nouveauté de cet opus réside en l’apparition des « Succès ». En effectuant des missions particulières, liées ou non avec le développement de la ville, vous débloquerez des succès qui, au fil des chapitres, donneront accès à la totalité de la carte, laissant ainsi découvrir de nouvelles îles vierges prêtes à être colonisées. Chaque île possède ses propres caractéristiques, certaines seront propices à l’agriculture, d’autres à l’habitation. Sur le chemin le prince rencontre d’autres civilisations qui partageront leurs technologies en échange de divers services. Pour finir, à la fin des sept chapitres, à la tête d’un puissant Empire commercial qui utilise toutes les options du jeu. Le mode histoire touche alors à sa fin, sans avoir été passionnant ni complètement ennuyeux et débute alors le mode « sans fin ».