Le professeur Layton et Luke arrivent trop tard

Au cœur du vieux Londres du début du siècle dernier, le professeur Layton et son apprenti Luke profitent d’un repos bien mérité après avoir délivré un étrange village de ses mystères. Mais une lettre du docteur Shrader, le mentor de l’homme aux milles énigmes, va venir troubler leur brève tranquillité. Dans son courrier, le docteur confie à Layton les quelques indices qu’il a pu recueillir concernant une boîte qui causerait la mort de quiconque s’aventure à l’ouvrir. Les deux acolytes décident alors de rejoindre immédiatement le professeur, mais ils arrivent trop tard. Le docteur a été assassiné à l’intérieur même de son appartement. Sur les lieux du crime, Luke et Layton retrouve un personnage qui même sans l’avoir jamais rencontré est loin d’être un parfait inconnu. C’est en effet l’inspecteur Chelmey qui est chargé de l’enquête. N’accordant pas une grande confiance en les capacités de déduction de l’inspecteur, Layton et Luke décident de mener leur propre enquête parallèle pour élucider le mystère de la boîte de Pandore. En fouillant l’appartement du défunt, les deux compères découvrent alors un étrange billet de train sans destination à bord du Molentary Express. Intimement persuadés que ce voyage en train leur permettra d’expliquer la mort du malheureux docteur Shrader, nos deux experts en énigmes décident de s’embarquer pour l’aventure.