Le mode scénario est le mode principal du jeu. Vous progressez avec chaque personnage dans des combats qui relatent son histoire dans le manga. Il y a douze personnages différents. Chacun d’entre eux doit effectuer entre quatre et six combats pour terminer sa saga. Les combats sont assez faciles au début et très difficiles à gagner à la fin. Vous trouverez ici les différentes sagas classées par ordre chronologique. Attention, toutefois, vous ne pouvez accéder à certaines sagas qu'en finissant celles qui la précèdent dans l'histoire.

Sommaire Le mode scénario Premier combat : Ninja disqualifié ? Deuxième combat :Qui est le plus fort ? Troisième combat : Un mystérieux... Quatrième combat : Je ne suis pas un... Cinquième combat : Clash Sixième combat :Orochimaru attaque !! Premier combat :L'épreuve de Kakashi Deuxième combat : Qui est le plus fort ?... Troisième combat : Un mystérieux... Quatrième combat : Défi Cinquième combat : Un homme mystérieux… Le Sharingan Sixième combat : Folie meurtrière ! Premier combat : L'épreuve de l'amour ? Deuxième combat : Quel lourdau Troisième combat : Ne jamais sous... Quatrième combat : un mystérieux... Cinquième combat : Protégez le pont ! Sixième combat : La force de la marque...