Basé sur le roman de Jules Verne 20 000 Lieues sous les Mers et ses personnages, en particulier le capitaine Némo, Le Secret du Nautilus vous met dans la peau d'un jeune océanographe embarqué dans un sous-marin militaire pour explorer les fonds marins. Un jour, les sonars détectent une grande structure métallique enfouie dans une crevasse. En ouvrant l'écoutille et en pénétrant dans le sas de décompression de l'appareil, on découvre un sous-marin dans lequel la vie semble s'être arrêtée il y a...
Après être resté un siècle au fond de l'océan, le Nautilus est découvert par un jeune océanographe... Quels mystères l'ancien navire du capitaine Némo renferme-t-il ? Que s'est-il passé à bord qui a poussé à son évacuation ? Où sont passés les membres d'équipage ?
