Après avoir sauvés un nombre indéfinis de planètes d'un terrible sort et gagnés dans le même temps un statut de méga-célébrités intergalactique, Ratchet & Clank se sont pris des vacances bien méritées. Pourtant, Ratchet ne trouve pas de repos. Orphelin de l'univers, il n'a jamais rien su de son passé, sa famille ou de ses origines "Lombax". Et personne, pas même Clank, ne peut combler ce vide.

Malheureusement pour Ratchet, quelqu'un d'autre est également intéressé par les origines du héros: l'Empereur Percival Tachyon. Dans sa soif de vengeance, le vil Tiran d'une ancienne race de monstres insectoïdes-fous appelés les Cragmites, nourrit une vieille rancune et est déterminé à exterminer le dernier Lombax connu de l'univers. Alors que...