Les frères plombiers sont à nouveau réunis pour une quête qui va leur faire remonter le temps. Mario et Luigi doivent retourner dans le passé pour retrouver Princesse Peach. Durant ce voyage dans le temps, ils rencontreront Bowser plus jeune évidemment et même leurs propres alter ego !

Le jeu Mario et Luigi : Les Frères du Temps place dans la peau des héros du Royaume Champignon à différentes étapes de leur vie. Vous devrez les guider à partir de l'écran tactile tout en suivant leur progression sur l'écran supérieur. Lors de certains combats cependant, vous pourrez suivre l'action sur les deux écrans. A certains moments, vous devrez même contrôler les quatre héros en même temps ! Avec l'apparition de nombreux personnages du Royaume Champignon, Mario and Luigi 2 est une suite hilarante...