Les trophées suivants peuvent être débloqués dans WWE Smackdown vs Raw 2006 :
- Trophée 100 Victoires : gagner 100 Matchs
- Trophée Bar Room Brawl : finir le Championnat Bar Room Brawl en Saison
- Trophée Challenge Amateur : finir tous les challenges amateurs
- Trophée Collect a Diva : finir les Contrats Trish et Torrie en Mode Saison.
- Trophée Elimination Chamber : gagner un match en mode Elimination Chamber Legend et battre 5 Superstar
- Trophée Legend Killer : finir le championnat Legend Battle Royale en Saison
- Trophée Match Vétéran : jouer chaque type de match en Exhibition
- Trophée RAW Saison : finir une saison avec un Catcheur RAW
- Trophée Rising Star : finir les challenges Rising Star
- Trophée Smackdown Saison : finir une Saison avec un Catcheur Smackdown
- Trophée Tough Enough : gagner 10 match avec un CAW
- Trophée Undertaker Urn : battre The Undertaker en Match Buried Alive dans le mode Saison
- Trophée WWE Challenge : finir tous les challenges
- Trophée WWE Legend : finir tous les challenges WWE Legend
- Trophée WWE Superstar : finir tous les challenges WWE Superstar.
- Trophée Royal Rumble : gagner le Royal Rumble dans le mode Saison.