De nombreux mini-jeux secrets sont dissimulés au milieu des différents niveaux du jeu.

Blue Spheres
Lancez Sonic The Hedgehog et Sonic 3D Blast 20 fois chacun.

Comix Zone
Il faut avoir une sauvegarde du jeu Sonic Heroes ou accumuler 30 heures de jeu sur Sonic Mega Collection Plus.

Flicky
Il faut avoir une sauvegarde de n'importe quel autre jeu Sega ou lancer Dr. Robotnic's Mean Bean Machine 50 fois.

Sonic & Knuckles dans Sonic 3
Lancez Sonic 1, Sonic 3, Sonic And Knuckles et Sonic 3-D Blast 50 fois.

Sonic & Knuckles dans Sonic 2
Lancez Sonic Spinball et Sonic 2 50 fois.

The Ooze
Il faut avoir une sauvegarde du jeu Sonic Heroes ou lancer Sonic Spinball et Sonic 2 50 fois.

Ristar
Lancez Blue Spheres 40 fois et Sonic The Hedgehog, Sonic 2, Sonic 3, Sonic & Knuckles, Sonic & Knuckles dans Sonic 3, Sonic & Knuckles dans Sonic 2, Sonic 3-D Blast, Sonic Spinball 50 fois.